Det finns tre fundamenatala icke-kovalenta krafter:

Ø Elektrostatiska
Andra namn: Jonpar, Jonbindning, Saltbindning, Saltbrygga
En laddad grupp på ett substrat kan attrahera en motsatt laddad grupp på t.ex. ett enzym. Kraften hos en sådan bindning ges av Coulmb´s lag. Bindningsstyrkan för sådana bindningar är ca 5kcal/mol.

Ø Vätebindningar
Bildas mellan oladdade såväl som laddade grupper. I biologiska system oftast mellan väte och kväve eller syre. Bindningsenergin för vätebindningar ligger på ca 5 kcal/mol. En viktg egenskap hos vätebindningar är att de är startk riktningsberoende. De starkaste vätebindningarna är dem där donatorn (väte) och acceptorn (syre el. kväve) binder rakt med varandra.

Ø Van der Waals bindningar
Bindingen uppkommer genom att laddningsfördelningen runt en atom varierar med tiden och därför inte alltid är symmetrisk. Denna assymetri förtplantar sig till angränsande atomer och attraktion uppkommer. Även om bindningen är förhållandevis svag så är den inte mindre betydelsefull i biologiska system. Bindningsstyrkan är starkt avståndsberoende. Vid korta respektiver långa avstånd minskar styrkan i bindningen snabbt. För att få en effektiv bindning mellan två molekyler måste dessa "passa" för att en binding som har betydelse skall åstadkommas. Steriska hinder är alltså avgörande för wan der Waals bindnigen. Bindningsstyrkan är ca 1 kcal/mol.