Två egenskaper hos vatten är speciellt viktiga med tanke på biomolekylära interaktioner:

Ø Vattenmolekylen är "böjd" och därmed polär.

Ø Vatten är mkt. Kohesivt (sammanhängande). Positiv del av molekylen orienterar sig mot negativ del av annan vatten molekyl.Varje vattenmolekyl vätebinder med i genomsnitt 3,4 "grannar" i vattenlösning, jämfört med 4 vid is.