Modern till autistiske Jack, Mona Svensson, hittas mördad i sitt hem. I husets gillestuga sitter Monas svårt handikappade pojke med mordvapnet - en lampa av stål - i handen. Jack klarar inte av att kommunicera med den upprörda omgivningen och slutar också upp med sin enda favoritsysselsättning - teckning. Men döljer han inom sig en oförlöst sanning? En sanning som människorna runt honom inte vill ska komma ut... En mördad, ensamstående mamma och ett blodigt mordvapen i handen på en mycket otillgänglig pojke som inte ens experter klarar av att nå. Det är utgångspunkten i fallet för Martin Beck och Gunvald Larsson. “Pojken i Glaskulan” lägger inte fingrarna emellan i sin beskrivning av institutions-sverige och låter inte publiken komma undan med en vanlig thriller. I stället sätter filmen skoningslöst fingret på urspårad sexualitet och svek.